承接第一季结局，直枝理树和“Little Busters”成员们成功从无尽的暑假轮回中脱出，但他们发现现实世界并没有变得正常。枣铃开始频繁梦见另一个自己，而真人突然拥有预知下一秒的能力。第二季引入新角色“观测者”，一个自称是这个世界管理员的神秘少女。她告诉众人：你们所在的并不是原本的世界，而是由一名濒死孩子意识创造出来的“赎罪乐园”。为了让那名孩子安心离世，理树必须在30天内帮助每位成员解开心结——包括他自己遗忘的童年罪孽。随着倒计时推进，学校建筑开始凭空消失，朋友们接连被“删除”。理树最终面对真相：他才是那个濒死的孩子，而所有成员都是多年前因他一次任性决定而遇难的真实朋友。
第二季把第一季的日常糖衣彻底撕碎，每集结尾的悬念设置堪比悬疑大片。第8集“真人的最后一场棒球”催泪程度炸裂。虽然科幻设定略显复杂，但情感落脚点始终是友情与自我救赎，完美收尾。
一本记载着全校师生所有秘密的“丑闻簿”突然被公开，校园瞬间变成修罗场。
一名无人机驾驶员在拉斯维加斯操控千里之外的杀戮，直到恐怖分子入侵了他的系统。
在东方快车上，一名女仆声称自己的贵妇主人凭空消失，但所有乘客和乘务员都异口同声：这趟车上从没有过这个人。
为了抢夺藏在圣诞老人玩偶里的钻石，三伙笨贼在一家24小时营业的加油站便利店狭路相逢，上演了一出杀疯了的闹剧。
男灵媒爱上了一个女鬼，为了能触摸她，他主动让另一个男人的鬼魂附身，三人一体的畸形爱情就此展开。
一种神秘病毒让东京五千人长出了翅膀，但第二天，所有“翼人”都开始从高空坠落。
一对离婚夫妻为了争夺房产，被迫继续同居，结果闹出一连串乌龙。
北海道一家家庭餐厅里，一群怪胎员工继续上演着鸡飞狗跳、甜度超标的爆笑日常。
